为助力广东深入实施创新驱动发展战略，促进地方科技创新和经济发展，加快清华大学创建世界一流大学进程，广东省人民政府和清华大学于2015年10月18日签署《广东省人民政府、清华大学共建清华珠三角研究院协议》。2015年12月10日，广东省人民政府办公厅正式发文成立清华珠三角研究院（以下简称研究院）。

研究院是广东省事业单位，按企业化方式运行，实行理事会领导下的院长负责制，委托清华大学经营管理。

自成立以来，研究院遵循习总书记“三个第一”的重要论述，恪守清华大学“自强不息，厚德载物”的校训，不断探索和实践体制机制创新，充分发挥清华大学的科技资源与人才优势，结合珠三角地区良好的创新创业环境，面向国家重大需求和地方新兴产业及未来产业培育发展需要，大力开展应用技术研发、科技成果转化、高新企业孵化和创新创业投资，努力成为粤港澳大湾区新兴产业技术创新的“火车头”和融合源头创新资源的新型研发机构引领者。

研究院积极参与、支持国家重大战略实施。2019年4月，在广州市、广州开发区支持下，创立粤港澳创新中心，推进粤港澳科技创新创业合作，服务粤港澳大湾区发展战略实施。2021年11月，与广东省、广州市、广州高新区共同发起成立粤港澳大湾区国家技术创新中心，在基础条件建设、清华大学重大成果引入、重点产业创新项目实施、创新创业投资、工程博士培养和博士后科研工作站建设管理、国际交流合作、干部队伍建设等方面为国创中心提供支撑。

研究院建有系统、立体、开放、高效的产学研资深度融合的科技创新体系。现有科技研发、创业投资、企业孵化、人才培养、海外合作等五大功能板块；设有办公室、人力资源部、财务部、技术创新部、海外合作部、综合服务部等六个职能部门，运管人员43人；高水平研发平台33个，科研人员188人；全资投资平台1个，运管团队15人。